マイホーム（自宅）を売って利益（譲渡所得）が出ても、「3,000万円の特別控除」を使えば、利益のうち3,000万円までは税金がかかりません。多くの売却では利益が3,000万円以内に収まるため、この特例で税額がゼロになるケースも少なくありません。ただし、適用には要件があり、住宅ローン控除との併用制限など注意点もあります。この記事では、3,000万円特別控除の要件・計算・併用の注意・申告の流れを整理します。
まず「譲渡所得」を理解する
不動産を売ったときの税金は、売却額そのものではなく利益（譲渡所得）にかかります。
取得費＝購入代金（建物は減価償却後）＋購入時の諸費用。取得費が不明なら売却額の5%を概算取得費にできます。譲渡費用＝仲介手数料・印紙など。
3,000万円特別控除の主な要件
① 自分が住んでいる（住んでいた）家屋とその敷地の売却であること
② 住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売ること
③ 売る相手が配偶者・親子など特別な関係者でないこと
④ 前年・前々年にこの特例や買換え特例を受けていないこと
3,000万円特別控除は、所有期間が短くても（短期譲渡でも）適用できます。さらに所有・居住が10年超なら、控除後の残りに対して軽減税率（課税長期譲渡所得6,000万円以下の部分は所得税10.21%＋住民税4%）も併用できます。
計算例
譲渡所得 ＝ 5,500万円 − 3,800万円 ＝ 1,700万円
3,000万円特別控除を適用 → 1,700万円 − 3,000万円 ＝ 0円
※利益が3,000万円を超えた部分にだけ、所有期間に応じた税率（長期20.315%／短期39.63%）で課税されます。
住宅ローン控除との併用に注意
売却で3,000万円特別控除（または軽減税率・買換え特例）を使うと、新居で住宅ローン控除を受けられない期間があります。具体的には、入居年とその前後の一定期間にこれらの特例を適用していると住宅ローン控除が使えません。「売却益の節税」と「新居のローン控除」のどちらが得かを試算して選ぶ必要があります（住宅ローン控除ガイド参照）。
申告の流れ
3,000万円特別控除は確定申告をして初めて適用されます。控除の結果、税額がゼロになる場合でも申告が必要です。売却の翌年2/16〜3/15に、譲渡所得の内訳書・売買契約書の写し・取得時の資料などを添えて申告します。
よくある質問
マイホームを売って利益が出たら必ず課税される？
3,000万円特別控除を使えば、利益のうち3,000万円までは課税されません。多くの売却は利益が3,000万円以内に収まり税額ゼロになりますが、適用には確定申告が必要です。
住まなくなった家でも使える？
住まなくなった日から3年を経過する日の属する年の12月31日までに売却すれば適用できます。それを過ぎると使えなくなる点に注意してください。
税額がゼロでも確定申告は必要？
必要です。3,000万円特別控除は確定申告をして適用を受ける特例なので、控除でゼロになる場合でも申告しないと適用されません。
新居の住宅ローン控除と両方使える？
入居年とその前後の一定期間にこの特例を適用すると、新居の住宅ローン控除が使えません。どちらが得か試算して選ぶ必要があります。
まとめ
関連コラム
- 空き家の3,000万円特別控除（相続した実家を売る場合）
- 住宅ローン控除ガイド（併用の注意）
- 不動産投資の税金（譲渡所得の基礎）
参考リンク（出典）
本記事は次の国税庁の公表資料をもとに作成しています（中立・一次情報）。要件・税率は改正されるため、売却・申告前に最新の内容をご確認ください。
※本記事は一般的な情報提供であり、税務アドバイスではありません。個別の判断は税務署・税理士にご確認ください。